본 발명은 그래프 합성곱 신경망(GCN; graph convolution network)을 이용한 3차원 분자의 구현 및 해석 방법으로, 본 발명에 따른 방법은 분자를 이루는 원자 수가 N이고 원자레벨 특성 수가 M일 때, 분자를 이루는 각 원자의 특성을 포함하는 NxM 행렬인 특성 행렬(feature matrix); 그래프 토폴로지를 유지하는 NxN 대칭 행렬인 인접 행렬(adjacency matrix); 및 원자간 상대적 위치 벡터를 나타내는 NxNx3 행렬인 위치 행렬(position matrix);를 포함하는 행렬 셋(set)에 의해 분자 그래프가 3차원 유클리드 공간으로 도입(embedded)된다.