본 발명은 개체의 모세혈관을 통과하는 혈류 내 타겟 요소의 시간에 따른 복수의 이동 이미지로부터 기능적 모세혈관 분율을 계산함으로써 개체의 미세순환을 정량화하는 방법 및 개체의 미세순환 측정 장치에 관한 것으로, 실제 적혈구가 지나가는 공간을 반영할 수 있어 보다 쉽고 간편하며 정확하게 미세순환을 정량화할 수 있고, 밀도 개념으로 정량화하기에 어려운 그물망 형태의 미세순환을 정량화할 수 있는 우수한 효과가 있다. 또한, 한 장의 이미지로 전체 모세혈관의 영역 중 기능적 모세혈관의 영역이 차지하는 비율을 눈으로 확인할 수 있어, 상기 정량화된 결과를 바탕으로 미세순환 장애 여부를 정확하고 빠르게 판단할 수 있는 우수한 효과가 있다.