본 발명은 연료전지용 막 전극 어셈블리 및 그 제조방법에 관한 것으로, 더욱 상세하게는 면내(in-plane) 채널 구조를 갖는 패턴화된 촉매층을 포함하고, 물질전달 및 출력 성능이 향상된 연료전지용 막 전극 어셈블리 및 그 제조방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 면내 채널 구조를 갖는 촉매층을 포함하는 막 전극 어셈블리는 물질전달 특성을 향상시키고, 소량의 Pt가 담지된 막 전극 어셈블리에서도 출력 성능을 크게 향상시킬 수 있다. 또한, 고분자 막을 패터닝하는 것은 다른 분야에서도 사용되고 있던 것임에 반해, 다공성의 부서지기 쉬운 전극을 패터닝한 경우는 없었으며, 이를 통해서 다양한 구조를 전극에 생성할 수 있으며, 전극 구조 제어 및 최적화의 기반 기술이 될 수 있다.