본 발명은 수술장에서 수술도구의 위치를 실시간으로 추적하여 수술의 정확도를 향상시키는 영상유도수술시스템 및 그 제어방법에 관한 것이다. 본 발명은 자력 기반의 추적장치를 사용하여 장기의 상태를 실시간으로 파악할 수 있고, 수술 전에 만들어진 수술 지도와의 오차를 계산하여 수술 도구의 진행방향을 보정할 수 있으므로 정밀한 수술이 가능하다는 효과가 있다. 또한, 본 발명은 다이렉트네비게이션을 사용하여 실시간으로 수술 지도를 보정할 수 있으므로 환자의 장기 상태 및 수술 경과를 명확히 알 수 있어 수술의 안정성이 확보되는 효과가 있다.