본 발명은 표적물질 검출용 헤어핀형 프로브(probe) 및 이를 이용한 표적물질 검출방법에 대한 것으로, 특히 표적물질 인식부위를 포함하는 루프(loop)와, 전기화학적 신호물질이 결합된 압타머(aptamer)를 포함하는 스템(stem)으로 이루어진 표적물질 검출용 헤어핀형 프로브를 특징으로 하고, 표적물질과 혼성화시에 헤어핀 구조가 깨짐으로써 상기 신호물질이 압타머로부터 분리되어 전극까지 자유롭게 이동 가능하며, 이에 따라 발생하는 전기화학적 신호의 변화에 의해 표적물질의 양을 실시간으로 정확하게 검출할 수 있는 효과가 있다.