수산 양식 산업의 발전과 함께 해상 양식장에서 발생되는 생활 오수, 화장실 오수, 폐사어체를 처리하는 문제가 점점 중요해지고 있다. 본 연구는 해상 양식장에서 발생하는 오염원 처리에 활용 가능한 발효 소멸 방법을 제안한다. 제안된 방법은 미생물을 활용하여 분변과 폐사어체를 발효 소멸시키는 것이다. 이를 위해 교반 속도와 주기를 제어할 수 있는 발효 소멸 장치를 개발하였다. 발효 소멸 과정에서 가장 중요한 부분은 미생물들이 활발하게 활동할 수 있는 환경을 만들어주는 것이다. 제안된 시스템은 온도, 습도, 산소 농도와 같은 발효 환경을 최적으로 유지시켜 줄 수 있기 때문에 많은 양의 오염원을 효율적으로 분해시킬 수 있다. 실험 결과는 미생물을 활용한 자연친화적인 오염원 처리 기술의 가능성과 제안된 장치의 처리 성능을 보여준다.