본 발명에 따른 천연물 효능 분석을 위한 네트워크 분석방법은, 약재 정보를 수집하여 데이터풀을 구축하는 (a)단계, 상기 데이터풀을 구성하는 약재 정보를 기반으로 복수의 레이어를 형성하여 다중 네트워크를 구성하는 (b)단계, 상기 다중 네트워크 중 포함 관계를 가지는 이분 네트워크를 선택하는 (c)단계, 상기 이분 네트워크 중 하위레이어를 구성하는 하위노드에 가중치를 부여하는 (d)단계, 서로 관련된 복수의 하위노드로 구성된 복수의 하위노드군에 대해, 개별 하위노드의 가중치를 이용하여 하위노드 쌍에 가중치를 부여하는 (e)단계 및 하위노드 쌍의 가중치 합이 설정기준 이상인 하위노드군을 추출하는 (f)단계를 포함한다.