컨테이너의 실행시간 보안 프로파일 갱신을 위한 방법 및 시스템이 개시된다. 일 실시예에 따른 컨테이너 보안 시스템에 의해 수행되는 보안 프로파일 갱신을 위한 방법은, 컨테이너 인스턴스에서 발생되는 컨테이너 인스턴스 정보와 시스템 콜을 추적하는 단계; 상기 추적된 컨테이너 인스턴스 정보와 시스템 콜을 포함한 새로운 보안 프로파일을 생성하는 단계; 및 상기 컨테이너 인스턴스의 실행시간에 상기 컨테이너 인스턴스가 참조하는 보안 프로파일을 상기 생성된 보안 프로파일로 갱신하는 단계를 포함할 수 있다.