GPU를 활용하여 대규모 DNA 서열 데이터베이스에서 프라이머 제한 조건과 특이성 조건을 동시에 만족하는 유효한 모든 프라이머들을 빠르게 디자인하는 방법 및 장치

Abstract

GPU를 활용하여 대규모 DNA 서열 데이터베이스에서 프라이머 제한 조건과 특이성 조건을 동시에 만족하는 유효한 모든 프라이머들을 빠르게 디자인하는 방법 및 장치가 제시된다. 일 실시예에 따른 GPU를 활용하여 대규모 DNA 서열 데이터베이스에서 프라이머 제한 조건과 특이성 조건을 동시에 만족하는 유효한 모든 프라이머들을 빠르게 디자인하는 장치는, GPU 프라이머를 활용하여 DNA 서열 데이터베이스에서 프라이머 제한 조건과 특이성 조건을 동시에 만족하는 유효한 프라이머들을 디자인하기 위한 전체적인 연산을 수행하며, 연산 과정에서 생성하는 해쉬맵을 포함하는 데이터 구조는 메인 메모리에 저장하여 사용하고, 초기 입력으로 사용되는 상기 DNA 서열 데이터베이스 및 후보 프라이머들을 기록하는 중간과정의 파일의 경우 별도의 하드디스크에 파일 형태로 저장해두고 필요한 경우 읽어와 사용하는 CPU; 및 대규모 연산을 필요로 하는 경우에 상기 CPU를 통해 상기 GPU 프라이머의 일부 연산에 대한 명령을 전달 받아 구동되며, GPU 메모리는 상기 메인 메모리로부터 연산에 필요한 데이터를 복사 받아 커널 연산을 수행한 뒤 그 결과에 대해 상기 메인 메모리로 다시 복사하는 GPU를 포함하여 이루어질 수 있다.