본 발명은 고분자 전해질 연료전지의 하이브리드 시스템 및 그 운전방법에 관한 것이다. 보다 상세하게는, 연료전지와 에너지 저장장치가 구비되어 있고 출력 부하 크기에 따라 각각의 담당 비율을 달리함으로써, 소형ㆍ경량ㆍ저비용으로 고출력을 낼 수 있도록 해 주는 하이브리드 시스템 및 그 운전방법에 관한 것이다.본 발명의 연료전지와 에너지 저장장치로 구성된 하이브리드 시스템 운전방법은, a) 제어부에 외부로부터의 요구전력이 감지되는 단계; b) 상기 요구전력이 미리 설정된 기준치 미만일 경우, 연료전지가 상기 요구전력에 상응하는 전력을 출력하여 상기 제어부에 전달하고, 상기 제어부가 상기 연료전지가 출력한 전력을 변환하여 출력하는 단계; c) 상기 요구전력이 상기 기준치 이상일 경우, 상기 연료전지는 OFF되며, 에너지 저장장치가 상기 요구전력에 상응하는 전력을 출력하여 상기 제어부에 전달하고, 상기 제어부가 상기 에너지 저장장치가 출력한 전력을 변환하여 출력하는 단계; 로 이루어지는 것을 특징으로 한다. 또한 이 경우, 상기 요구전력 기준치는 상기 연료전지 최대출력량의 75% 내지 80% 범위 내인 것을 특징으로 한다.연료전지, fuel cell, 하이브리드, 에너지 저장장치, 수퍼 캐패시터, 슈퍼캐패시터, 안정화