본 발명은 세포내 이차대사산물의 생산에 있어서 그 생산성을 크게 향상시킬 수 있는 공정에 관한 것이다. 좀 더 구체적으로, 본 발명은 단순 회분 배양대신 고정상 세포배양기를 사용한 연속배양을 통해 생산성 향상을 획기적으로 제고할 수 있는 방법을 제시하고, 더 나아가 현탁 배양기를 이단계로 추가함으로써 다시 생산성을 상당히 높일 수 있는 공정기술에 관한 것이다. 본 발명은 (i) 세포내 이차대사산물의 생산에 연속식 고정상 세포배양기를 이장하는 공정; (ii) 고정상 세포배양기를 일단계로 하고, 이에 현탁 세포배양기를 이단계로 추가한 공정을 포함한다. 본 발명의 세포내 이차대사산물의 고정상 연속식 생산공정은 기존의 현탁배양기를 통한 연속공정에 비해 월등히 높은 생산성을 가능하게 하며 이단계를 공정을 채택함으로써 더욱 생산성을 향상시킨다.