본 발명은 담체에 고정화된 미생물을 이용한 탈황방법에 관한 것으로, 유기황 화합물내의 황 성분만을 선택적으로 산화시켜 제거하는 탈황세균을 담체에 고정화시키는 공정과 전기에서 고정화된 탈황세균을 화석연료 또는 유기황 화합물이 함유된 물질과 접촉시켜 탈황반응시키는 공정을 포함한다. 본 발명의 탈황방법에 의하면, 종래의 슬러리 형태의 생촉매를 이용한 방법에 비해, 생촉매의 재사용 효율 및 전체 공정의 탈황효율이 증진되고, 처리후의 유분의 분리·회수가 용이해진다.