본 발명은 생분해성 공중합 폴리에스터의 제조방법에 관한 것이다. 좀 더 구체적으로, 본 발명은 미생물 발효에 의해 합성된 지방족 폴리에스터를 화학적으로 합성된 지방족 폴리에스터와 에스테르 교환반응시켜 다양한 구조와 물성을 지닌 생분해성 공중합 폴리에스터의 제조방법에 관한 것이다. 본 발명의 생분해성 공중합 폴리에스터는 미생물합성 지방족 폴리에스터를 질소분위기와 용매 및 촉매의 존재하에서 화학합성 지방족 폴리에스터와 에스테르 교환반응시켜 제조되며, 본 발명에 의해 우수한 생분해성을 유지하면서도 다양한 분자구조와 물성을 지닌 생분해성 공중합 폴리에스터를 간단히 제조할 수 있다는 것이 확인되었다.