본 발명은 고분자 전해질 연료전지용 막전극 집합체 및 그 제조방법에 관한 것으로서, 보다 상세하게는 막전극 집합체에서 기체확산층과 촉매층 사이에 탄소기재와 소수성 불소계 고분자로 구성된 계면접착층을 도입하여 기체확산층과는 소수성 계면을 형성하고, 촉매층과는 기계적 결착이 가능하여 연료전지 구동 중 기체확산층이 막전극 집합체를 지지하여 막전극 집합체의 수축 팽창을 억제함으로써 기계적 내구성을 향상시킬 수 있는 고분자 전해질 연료전지용 막전극 집합체 및 그 제조방법에 관한 것이다.