본 발명은 중금속의 흡착 단백질인 파이트케라틴 합성효소와 메탈로티오네인이 동시에 발현되는 재조합 미생물을 이용하여 금속 나노 입자 및 금속 황화물의 나노 입자를 제조하는 방법 및 상기 방법에 의해 합성된 금속 나노 입자 또는 금속 황화물의 나노 입자 용도에 관한 것이다. 본 발명에 따르면 종래 생물학적 방법으로 합성이 어려운 금속을 나노 입자의 형태로 합성하는 방법을 제공함으로써 신환경적이고 경제적으로 금속 나노 입자의 합성이 가능하게 하여 금속과 류를 이용하여 금속 황화물의 나노 입자 합성도 가능하게 했던 것 뿐만 아니라, 종래 화학적 또는 생물학적 방법으로 제조된 금속 나노 입자에서도 본 발명 제조 방법을 이용하여 그 수율이 현저히 상승하도록 했다.