본 발명은 2,3-부탄디올 이성질체의 흡착 분리 방법을 개시한다. 본 발명의 실시예에 따른 2,3-부탄디올 이성질체의 흡착 분리 방법은 메조-2,3-부탄디올(meso-2,3-butanediol, m-BD) 및 라세믹-2,3-부탄디올(racemic-2,3-butanediol, r-BD)을 이성질체로 포함하는 2,3-부탄디올(2,3-butanediol)에서 상기 이성질체를 흡착제가 충진된 다수의 컬럼을 통해 분리하는 방법에 있어서, 탈착제 유입 포트를 통해 상기 탈착제 유입 포트와 연결된 컬럼이 구비된 제1 영역으로 탈착제가 유입되는 단계; 상기 2,3-부탄디올이 공급 원료 유입 포트를 통해 유입되고, 상기 공급 원료 유입 포트와 연결된 컬럼이 구비된 제3 영역으로 상기 2,3-부탄디올 및 상기 제1 영역을 통과한 탈착제가 함께 유입되는 단계; 상기 2,3-부탄디올로부터 분리된 상기 메조-2,3-부탄디올이 라피네이트 유출 포트와 연결된 컬럼이 구비된 제3 영역에서 상기 라피네이트 유출 포트를 통해 유출되는 단계; 상기 라피네이트 유출 포트를 통해 유출되지 않은 메조-2,3-부탄디올이 제2 영역에 유입되어 보유된 단계; 및 상기 흡착제에 흡착된 라세믹-2,3-부탄디올이 추출물 유출 포트와 연결된 컬럼이 구비된 제1 영역에서 상기 추출물 유출 포트를 통해 유출되는 단계; 를 포함하고, 상기 탈착제 유입 포트, 상기 공급 원료 유입 포트, 상기 라피네이트 유출 포트 및 상기 추출물 유출 포트가 상기 제1 영역, 상기 제2 영역, 및 상기 제3 영역에 존재하는 컬럼과 포트 스위칭 주기(port switching time)에 따라 각각 연결되며, 상기 포트 스위칭 주기는 상기 제1 영역, 상기 제2 영역 및 상기 제3 영역에서의 유량 속도 비율(flow rate ratio)에 의해 제어되는 것을 특징으로 한다.