질병 판별 시스템의 동작 방법으로서, 기능이 유사한 유전자들이 묶인 기능 그룹들을 수집하는 단계, 상기 기능 그룹들에서 출현하는 빈도가 기준 이상인 다기능 유전자들을 추출하는 단계, 다기능 유전자 간 기능 유사도를 기초로 상기 다기능 유전자들의 조합으로 구성된 적어도 하나의 공통기능 그룹 지표를 탐색하고, 각 공통기능 그룹 지표를 노드로 가지는 기저 온톨로지를 생성하는 단계, 수집한 전체 유전자들로 그룹 지표 탐색 범위를 확장하고, 유전자 간 기능 유사도를 기초로 유전자들의 조합으로 구성된 적어도 하나의 세부기능 그룹 지표를 탐색하며, 상기 기저 온톨로지 기반에서 각 세부기능 그룹 지표를 노드로 추가하여 기능 온톨로지를 생성하는 단계, 그리고 상기 기능 온톨로지를 구성하는 노드들을 기능 그룹 지표들로 선정하는 단계를 포함한다.