본 발명은 시료의 농축 및 정제를 위한 전처리 시스템에 관한 것으로, 보다 상세하게는 기시료 저장 카트리지; 상기 시료 저장 카트리지와 연결되는 핀치-솔레노이드 밸브시스템; 상기 밸브시스템에 연결되는 하부모듈; 상기 하부모듈의 상부에 위치하는 상부모듈; 상기 하부모듈에 장착되는 미세유체 칩; 및 상기 미세유체 칩과 연결되는 튜빙연동펌프를 포함하는, 시료의 농축 및 정제를 위한 전처리 시스템을 제공한다. 이에 따라, 본 발명은 핵산 증폭 기법으로 검출되기 어려운 낮은 농도의 병원체 시료를 전처리 농축을 통해 검출 가능한 농도로 만들어 줌과 동시에 시료에 들어있는 분자진단 저해요소들을 제거하며, 농축된 병원체에서 핵산을 정제 후 추출하는 과정이 완전 자동화되어 비숙련자들도 쉽게 사용할 수 있어 편리성 및 재현성을 증가된 전처리 시스템을 제공할 수 있다.