다층구조의 기능성 패턴 형성 방법이 제공된다. 상기 다층구조의 기능성 패턴 형성 방법은, 마스터 기판을 준비하는 단계, 상기 마스터 기판 상에 연성 물질을 제공하는 단계, 상기 연성 물질을 상기 마스터 기판으로부터 분리하여, 베이스 패턴을 포함하는 베이스 기판을 제조하는 단계, 상기 베이스 패턴 상에 제1 기능성 물질을 제공하는 단계, 상기 제1 기능성 물질 상에, 상기 제1 기능성 물질과 다른 특성을 갖는 제2 기능성 물질을 제공하는 단계, 및 상기 제1 및 제2 기능성 물질이 제공된 상기 베이스 기판을 타겟 기판과 접촉시켜, 상기 제1 및 제2 기능성 물질을 동시에 상기 타겟 기판 상에 전사하는 단계를 포함할 수 있다.