본 발명은 소수성 필터를 이용한 유체 제어 기술이 구비된 전자동 유전자 증폭기에 관한 것으로, 보다 상세하게는 유체가 항상 정해진 위치까지만 이송되도록 자동으로 제어하기 위한 소수성 필터를 이용한 유체 제어 기술이 구비된 전자동 유전자 증폭기에 관한 것이다. 상기와 같은 목적을 달성하기 위한 본 발명의 구성은 전자동 유전자 증폭기에 있어서, 증폭주챔버부의 하류에 마련되며, 공기를 흡입 및 주입하여 혼합PCR용액의 중합효소 연쇄반응에 의해 형성된 증폭용액을 이송할 수 있도록 마련되며, 소수성필터가 구비된 증폭펌프부; 및 상기 증폭펌프부의 소수성필터와 상기 증폭주챔버부의 사이에 마련되어, 상기 증폭용액이 수용되는 증폭보조챔버부를 포함하며, 상기 증폭펌프부가 상기 증폭주챔버부에 수용된 상기 증폭용액을 흡입하여 상기 증폭보조챔버부로 이송시킬 때, 상기 증폭용액은, 상기 증폭펌프부에 마련된 상기 소수성필터에 의해 자동으로 상기 소수성필터의 앞단까지만 채워지도록 마련된 것을 특징으로 하는 소수성 필터를 이용한 유체 제어 기술이 구비된 전자동 유전자 증폭기를 제공한다.