본 발명은 필터가 부착된 연속 배양장치를 이용하여 할로박테리아를 고농도로 배양하면서 박테리오로돕신을 대량으로 제조하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 박테리오로돕신의 제조방법에 의하면, 종배양된 할로박테리아를 내부 필터 발효기 또는 외부 필터 발효기에 접종하여 회분배양한 다음, 연속배양으로 전환하여 할로박테리아를 고농도로 배양하고, 용존산소 농도를 낮게 유지하여 고농도로 배양된 할로박테리아에 의해 박테리오로돕신이 대량으로 제조된다. 본 발명의 방법으로 박테리오로돕신을 제조하면, 고농도로 배양된 할로박테리아에 의해 미래의 전자 소자로 가장 유력시되고 있는 박테리오로돕신을 대량으로 제조할 수 있다.