본 발명은 표적핵산의 비표지 검출방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 특이적 증폭반응으로부터 얻어지는 표적핵산의 증폭 산물을 질량분석을 이용하여 효과적으로 분석하는 비표지 검출방법에 관한 것이다.본 발명에 따른 질량분석 기반의 비표지 표적핵산 검출방법은 분석 방법이 편리하고 정확할 뿐 아니라 반응 종료점에서의 분석을 이용하기 때문에, 다양한 바이오센서의 플랫폼으로 유용하게 사용될 수 있다. 또한, 다중 표적핵산 분석이 가능한 장점이 있어 다양한 표적핵산 분석을 통한 질병의 예방, 조기 진단 및 개인 맞춤 의약품 개발과 처방에 유용하게 사용될 수 있다.