펌프 기반 유체 정역학적 구동부의 제어 시스템 및 그 제어 방법이 개시된다. 본 제어 방법은 유압 실린더의 위치를 조절하기 위한 실린더 위치 기준 신호를 출력하는 단계, 상기 출력된 실린더 위치 기준 신호로부터 상기 유압 실린더의 변위 측정 신호를 감산한 오차 신호를 출력하는 단계, 상기 오차 신호를 입력 받아 상기 실린더의 변위 오차를 감소시키기 위한 되먹임 제어 신호를 출력하는 단계, 상기 실린더 기준 위치 신호를 입력 받아 상기 구동부의 반응성을 높이기 위한 전향보상 제어 신호를 출력하는 단계, 상기 되먹임 제어 신호와 상기 전향보상 제어 신호의 합으로부터 상기 구동부에 영향을 미치는 외란 신호를 추정하는 외란 예측 신호를 감산한 구동 제어 신호를 출력하는 단계, 상기 구동 제어 신호에 상기 외란 신호를 가산하여 최종 구동 제어 신호를 출력하는 단계, 상기 최종 구동 제어 신호와 상기 유압 실린더의 위치 추정 신호인 유압 실린더 변위 측정 신호를 이용하여 상기 외란 예측 신호를 생성하는 단계를 포함한다.