본 발명은 바이오시너지모델언어를 이용한 상황 특이적인 생물학적 관계 정보 시스템 및 정보의 구축 방법에 관한 것으로, 바이오시너지모델언어를 해석하는 바이오시너지모델언어 모듈부(300)와, 다수준 간의 생물학적 관계정보를 저장하는 생물학적 관계정보 데이터베이스(600)와, 온톨로지 정보를 저장하고, 상기 생물학적 관계정보 데이터베이스에서 제어부(100)에 의해 추출된 생물학적 관계정보에 해당하는 온톨로지 정보를 제공하는 온톨로지 데이터베이스(500)와, 상기 온톨로지 정보가 포함된 생물학적 관계정보에 해당하는 상황정보를 제공하는 상황정보 데이터베이스(700)와, 상기 바이오시너지모델언어 모듈부(300)의 해석에 따라 상기 생물학적 관계정보 데이터베이스(600), 온톨로지 데이터베이스(500) 및 상황정보 데이터베이스(700)를 억세스하여 정보를 추출하고 매핑하는 제어부(100)를 포함한다.