본 발명은 혼합된 자기조립 단분자 막을 이용하여 단백질을 결합하는 방법 및 그 방법을 이용한 단백질 칩에 관한 것으로서, 자기조립 단분자 막을 혼합 사용하여 단백질의 원하지 않는 흡착을 줄이고 원하는 흡착을 증가시키는 방법과 이를 이용한 단백질 칩의 제작에 관한 것이다. 이를 위해 글라스 기판(100)에 혼합된 자기조립 단분자 막(200)을 형성하는 단계(S110); 글라스 기판(100)에 형성된 자기조립 단분자 막(200)에서 제거를 원하는 자기조립 단분자 막(200)을 제거하는 단계(S120); 자기조립 단분자 막(200)이 제거된 위치에 새로운 자기조립 단분자 막(300)을 형성하는 단계(S130); 및 새로운 자기조립 단분자 막(300)에 단백질(400)이 결합하는 단계(S140);를 특징으로 하는 혼합된 자기조립 단분자 막을 이용한 단백질 결합 방법이 개시된다.