본 발명은 입방 모양 PtCo 나노합금 촉매의 제조방법에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 백금전구체, 코발트전구체, 표면안정제 및 환원제를 용매에 용해시킨 뒤 가열을 하여 입방(cubic) 모양의 PtCo 나노합금을 제조하고, 이를 탄소 지지체에 흡착시킨 후 표면안정제를 제거하여 입방 모양 PtCo 나노합금 촉매를 제조하는 것을 특징으로 한다. 본 발명의 입방 모양 PtCo 나노합금 촉매의 제조방법은 간단한 공정으로 균일한 크기와 입방 모양을 가진 나노입자의 제조가 가능하며, 나노입자의 뭉침에 의한 모양 변화, 표면적 변화 및 조성 변화를 방지하여 고효율의 연료전지 개발에 유용하게 적용할 수 있다.