본 발명은 세포를 배양하는 동시에 세포계수가 가능하도록 세포배양 용기의 외면에 미세격자를 형성시켜 세포계수를 위한 미세격자가 형성된 세포배양 용기를 제작하는 방법을 개시한다. 본 발명의 세포배양 용기를 제작하는 방법은 제1기판의 제1면으로부터 제2면까지 면적이 점차 감소하는 구멍이 형성된 제1기판을 제작하는 단계와, 제2기판의 상면을 에칭하여 미세격자홈이 형성된 제2기판을 제작하는 단계와, 제1기판의 제2면에 제2기판의 상면을 맞대어 접착시키는 단계와, 접착된 제1기판과 제2기판상에 몰드용 재료를 형성시켜 세포배양용기 가공용 몰드를 제작하는 단계와, 세포배양용기의 하부면에 세포배양용기 가공용 몰드를 프레싱 또는 인젝션 몰딩하는 단계로 구성된다. 이에 따라, 본 발명은 세포를 배양하는 동시에 세포계수가 가능하도록 하는 세포배양 용기를 제작함으로써, 세포 계수를 위해 세포 추출시 바닥면으로부터 세포를 떼어내는 등의 별도의 작업을 할 필요가 없을 뿐만 아니라, 추출중에 세포가 오염되는 것을 방지할 수 있다.