세포 용액에서의 단백질 농도 측정 방법이 개시된다. 본 발명은, 측정 대상 단백질에 표지자가 구비된 기준 단백질과 측정 대상 단백질과 결합되는 생체 분자체가 결합된 결합 분자체의 생성을 유도하고, 측정 대상 단백질에 표지자가 구비된 기준 단백질과 측정 대상 단백질이 포함된 세포 용액을 혼합하며, 혼합된 세포 용액과 측정 대상 단백질과 결합되는 생체 분자체를 혼합하여 생체 분자체와 기준 단백질이 결합된 결합 분자체의 생성을 유도하고, 결합 분자체의 개수에 기초하여 측정 대상 단백질이 포함된 세포 용액에서의 측정 대상 단백질의 농도를 계산하는 과정을 통해 구현된다. 본 발명에 따르면, 모든 종류의 단백질에 적용될 수 있을 뿐만 아니라, 단일 분자 수준에서 측정된 데이터에 기초하여 산출되어, 높은 신뢰도의 단백질 농도를 측정가능하게 하는 세포 용액에서의 단백질 농도 측정 방법이 제공된다.