본 발명은 적색 형광단백질과 결합할 수 있는 신규한 폴리펩타이드에 관한 것으로, 보다 구체적으로, 적색 형광단백질과 선택적으로 결합하여 생체내 단백질의 움직임을 파악할 수 있는 항체 즉, 폴리펩타이드, 상기 폴리펩타이드를 코딩하는 폴리뉴클레오타이드, 상기 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 재조합 벡터, 상기 재조합 벡터가 도입되어 있는 재조합 미생물 및 상기 재조합 미생물을 이용하여 상기 폴리펩타이드를 생산하는 방법에 관한 것이다.본 발명의 폴리펩타이드는 적색 형광단백질에 대한 결합력이 우수하므로, 세포생물학, 분자생물학뿐만 아니라 기초 의과학 연구 분야에 효과적으로 활용될 수 있다.