본 발명은 입자 기반 유체 시뮬레이션(Particle-based fluid simulation)을 복합 구조 병렬 시스템을 이용해서 빠르게 수행하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 실시예에 따른 이웃 탐색 연산 시스템은 이웃 탐색 연산을 수행하는 복수의 연산장치; 및 상기 복수의 연산장치에 일을 할당하는 스케줄러;를 포함하며, 상기 스케줄러는 정방형 격자 구조의 데이터를, 상기 복수의 연산장치 중 일을 할당할 연산장치의 주기억장치의 용량에 따라 분할하여 분배할 수 있다.