본 발명은 나노 구조체 제작용 DNA 템플릿의 제조방법 및 이를 이용한 나노 구조체의 제작방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로는 기판 상에 DNA를 함유하는 용액을 떨어뜨리는 단계; 상기 용액에 일정한 방향으로 전단력을 가하여 DNA를 배향시키는 단계; 및 상기 기판을 건조하여 일정한 방향으로 DNA가 배향된 DNA 템플릿을 제작하는 단계를 포함하는 DNA 템플릿의 제조방법 및 상기 DNA 템플릿을 배열한 다음, 배열된 기판 사이로 나노 구조체의 원료를 주입하는 단계를 포함하는 나노 구조체의 제작방법에 대한 것으로서, 본 발명에 따른 DNA 템플릿의 제조방법 및 나노 구조체의 제작방법은 방법이 매우 간단하고 대면적에서 가능하여, 산업상 이용가능성이 뛰어나다.