본 발명은 원핵생물인 클로스트리디아(Clostridia) 내에서 합성 조절 sRNA를 이용한 유전자 발현을 억제하는 방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 MicC sRNA 유래의 Hfq 결합 부위(Hfq binding site) 및 표적유전자 mRNA와 상보적 결합을 형성하는 영역을 포함하는 합성 sRNA 카세트 플라스미드에 대장균 유래 Hfq 유전자를 추가로 삽입한 후, 클로스트리듐 속 미생물에 도입하여 유전자의 발현을 억제하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 합성 조절 sRNA를 이용한 클로스트리듐 속 미생물 유전자의 발현 억제 방법은 유전자 결실 과정 없이 효과적으로 표적유전자 발현을 억제할 수 있으므로, 클로스트리듐 속 미생물에서 다양한 표적유전자의 조합을 동시다발적으로 억제하여 대사 흐름을 조절함에 따라 다양한 유기산 생산은 물론, 대체 에너지원으로 사용 가능한 고효율의 에탄올 및 부탄올 생산 균주 제작에 매우 유용하다.