본 발명은 연료전지의 스택에 공급되는 반응가스의 유량이 연료전지의 각 단위전지마다 균일하게 되도록 반응가스의 유량을 예측하는 방법에 관한 것이다. 본 명세서에서 개시하는 반응가스의 유량 예측 방법은 (a)연료전지의 매니폴드 격자의 입구(inlet)와 출구(outlet)에서의 반응가스의 압력 변화 값(ΔPman)을 도출하는 단계; (b)상기 연료전지의 각 단위전지에 공급되는 반응가스에 대한 소비되는 반응가스의 비(흐름율, mass flow rate)와 각 단위전지의 두 극의 입구와 출구 간 반응가스의 압력 변화 값(압력 강하 값, pressure drop)의 상관관계로부터 상기 흐름율을 산출하는 식을 도출하는 단계; 및 (c)상기 각 단위전지에서의 흐름율이 일치하는 경우에는 일치된 흐름율을 이용하여 상기 각 단위전지에 유입되는 반응가스의 유량으로 예측하고, 일치하지 아니하는 경우에는 상기 (a)단계로 회귀하여 상기 각 단위전지에서의 흐름율이 일치할 때까지 재 예측 제어하는 단계를 포함하여 본 방법 발명이 해결하고자 하는 과제를 해결한다.