본 발명은 결합단백질 라이브러리 제조를 위한 전산학적 방법 및 이를 위한 시스템에 관한 것으로, 본 발명에서 제시하는 방법은 (1) 구조가 알려져 있는 단백질에 대하여 진화적으로 보존되어 있는 단백질들의 서열을 비교 분석함으로써 가변성이 높은 부위를 찾는 과정, (2) 단백질 구조 분석을 통한 단백질 표면에 위치한 부위를 찾는 과정, (3) 상기 두 과정을 통해 얻은 정보를 통합하여 외부로부터 쉽게 접근할 수 있으면서도 매우 가변성이 높은 단백질의 표면을 찾는 과정을 포함하고 있다. 본 발명에서 제시한 방법을 이용하여 결합단백질 라이브러리 제조를 위한 골격단백질로 이용할 수 있는 새로운 단백질들을 발굴 할 수 있고. 이들은 새로운 단백질 신약 혹은 특정 화합물을 감지하는 용도로 이용할 수 있을 것이다.