본 발명은 양자점 기반의 바이오칩에 관한 것으로, 보다 상세하게는 (A) 유리 또는 실리카로 이루어진 지지체; (B) 상기 지지체의 표면에 구성된 자기조립 단층막; (C) 양자점의 표면이 바이오틴과 특이 결합하는 생체분자로 코팅되어 있어, 상기 자기조립 단층막의 말단기와 양자점 표면의 생체분자 작용기와의 결합에 의해 자기자기조립 단충막 위에 형성된 양자점 단층막; 및 (D) 가수분해 단백질에 대한 기질의 일말단에는 바이오틴이 결합되어 있고 타말단에는 에너지 수용체가 결합되어, 기질 말단의 바이오틴과 상기 양자점 단층막 상에 노출된 생체분자와의 특이결합에 의해 양자점 단층막 위에 형성된 기질-에너지 수용체의 결합층;으로 이루어진 양자점 기반의 바이오칩에 관한 것이다. 또한 본 발명은 상기 바이오칩에서 양자점과 에너지 수용체 간의 에너지 전이현상을 이용하여 다양한 기질에 대한 가수분해 단백질의 활성을 적은 양으로 신속히 측정할 수 있는 방법에 관한 것이다.본 발명에 의하면, 칩 표면에서 양자점의 에너지 전이현상을 이용하여 가수분해 단백질 또는 관련 저해제의 활성을 초고속 대량 분석하는 것이 가능하다.