본 발명은 대사산물들의 플럭스 섬(Flux Sum: Φ)을 이용한 인-실리코 생물 개량방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로는 유용물질 생산을 위한 생물의 대사산물 활용도를 플럭스 섬으로 정의하고, 이를 섭동시켜 유용물질의 생산 수율을 증가시키는 핵심 대사산물을 스크리닝하는 방법 및 상기 스크리닝된 핵심 대사산물과 관련된 유전자를 결실 및/또는 증폭시켜 유용물질을 생산하는 생물을 개량하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면 특정 대사산물과 유용물질 생산과의 관계를 정확하게 예측할 수 있어, 특정 대사산물에 관련된 효소들을 발현하는 유전자들을 도입 및/또는 증폭 및/또는 결실(제거)시킴으로써 유용물질 생산성이 증대된 생물을 개발하는 것이 가능하다. 아울러, 배양 중 특정 대사산물을 공급하여 유용물질의 생산성을 증대시키는 것도 가능하다.