본 발명은 미세유체장치를 이용한 다중유전자 디지털 신호 분석장치 및 이의 분석방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 극미량의 병원균을 효율적으로 검출하기 위한 미세유체장치를 이용한 다중유전자 디지털 신호 분석장치 및 이의 분석방법에 관한 것이다. 본 발명의 구성은 시료 및 검출대상균을 배출하는 캡슐부; 및 상기 캡슐부로부터 배출된 상기 검출대상균 내 다중유전자를 증폭하고, 증폭된 상기 다중유전자를 검출하는 증폭검출부를 포함하며, 상기 캡슐부는 상기 시료를 미세방울 형태로 배출하며, 상기 미세방울 중 일부에는 상기 검출대상균이 수용된 상태인 것을 특징으로 하는 미세유체장치를 이용한 다중유전자 디지털 신호 분석장치를 제공한다.