본 발명에 따른 3D 나노미터 구조 제조 방법은 기판 위에 희생층을 형성하는 단계, 희생층 위에 상부 물질을 형성하는 단계, 식각액을 이용해 상기 희생층의 내부 확산도를 조절하는 단계, 내부 확산도가 조절된 상기 희생층을 포함하는 상기 기판 위에 엔캡슐레이션(encapsulation) 물질을 형성하는 단계 및 식각액을 이용해 상기 희생층을 식각하는 단계를 포함한다. 이에 의하여, 결정화를 필요로 하는 나노미터 크기의 물질을 대면적으로 정렬시킨 3D 나노미터 구조를 제조할 수 있고, 확산을 이용하여 나노미터 구조를 빠르고 용이하게 제조할 수 있을 뿐만 아니라, 모체 기판을 재사용할 수 있다는 경제적 효과를 갖는다.