본 발명은 생의학용 반사/형광 복합 in-vivo 공초점 레이저 주사 현미경에 관한 것으로, 공초점 레이저 주사 현미경에 있어서, 광원으로부터 출사되는 광을 시편에 조사한 후 시편에서 반사되는 반사 공초점 신호를 획득하여 시편 정보를 검출하는 반사 공초점 현미경, 광원으로부터 출사되는 광을 시편에 조사한 후 시편에서 방출된 형광 공초점 신호를 획득하여 시편 정보를 검출하는 형광 공초점 현미경, 상기 반사 공초점 현미경과 형광 공초점 현미경의 광 경로에 구비되어 진행하는 광을 가시광선 영역과 근적외선 영역으로 분리 및 반사시키기 위한 제 1이색거울; 및 상기 형광 공초점 현미경의 형광 여기(excitation) 파장과 형광 방출(emission) 파장을 분리 및 반사시키기 위한 제 2이색거울을 포함하여 구성되고, 시편으로부터 반사 공초점 신호와 형광 공초점 신호를 동시에 획득하는 것을 특징으로 한다. 이와 같이 구성되는 본 발명은 반사 공초점 신호와 형광 공초점 신호를 동시에 획득할 수 있고, 부품의 공통 사용으로 부피, 무게 줄이고, 비용을 절감시킬 수 있는 이점이 있다.