본 발명은 가상화된 컴퓨터 시스템에서 어플리케이션의 메모리를 악의적인 게스트 운영체제로부터 보호하기 위한 하이퍼바이저 기반 사용자 어플리케이션 메모리 보호방법 및 메모리 보호 수단을 구비하는 가상화 컴퓨터 시스템에 관한 것으로, 본 발명에서는 하이퍼바이저가 운영체제 및 어플리케이션에 대한 모든 관리 권한을 가지고 있고, 실행 컨텍스트 전환 시 이를 탐지하여 어플리케이션의 메모리를 운영체제의 접근으로부터 차단함으로써 사용자 어플리케이션의 메모리를 자원 효율적으로 보호할 수 있다.