본 발명의 황화수소 제거방법은 철-EDTA를 매개로 하여 황화수소를 제거하는 방법에 관한 것으로서, 황화수소를 3가철-EDTA 수용액에 흡수시켜 3가철-EDTA를 환원시키고, 황화수소를 유황으로 산화시키고, 상기에서 환원된 2가철-EDTA를 전기화학적으로 산화시켜 3가철-EDTA를 재생하는 연료전지를 포함함으로써, 기존의 EDTA를 이용한 황화수소 공정에서 우려되는 분해 문제를 해결할 뿐 아니라 전기를 생산하도록 한 단계 발전시킨 효과가 있다.