본 발명은 할로박테리아 세포파쇄액으로부터 박테리오로돕신이 함유된 할로박테리아의 세포막을 고분자 및 무기염으로 구성된 수성이상계(aqueous two phase system)의 계면(interface)에 농축하는 단계를 포함하는 박테리오로돕신 분리방법에 관한 것이다. 본 발명의 박테리오로돕신 분리방법을 이용하면, 박테리오로돕신이 함유된 할로박테리아의 세포막을 효율적으로 농축, 회수할 수 있으며, 이는 결과적으로 박테리오로돕신의 최종 분리수율을 크게 향상시킨다. 또한, 본 발명의 박테리오로돕신 분리방법은 종래의 박테리오로돕신 분리방법에 비하여 보다 저렴하고 간편할 뿐 아니라, 박테리오로돕신의 대량제조가 가능하므로, 본 발명의 박테리오로돕신 분리방법은 바이오칩 및 3차원 메모리소자의 등의 개발에 크게 기여할 수 있을 것이다.