본 발명은 SDL-PCR(Separation of displaced ligation probe-based PCR)을 이용한 유전자 분석방법에 관한 것으로, 보다 구체적으로, 목적 유전자와 상보적인 염기서열을 포함하는 각각의 탐침들을 리가제(ligase)를 이용한 연결반응 및 연장(extention)반응을 통해 주형 탐침을 제조하고, 정제(separation) 과정을 수행한 다음, 공통의 프라이머를 이용하여 목적유전자의 주형 탐침을 증폭시키는 것을 특징으로 하는 SDL-PCR을 이용한 유전자 분석방법에 관한 것이다.본 발명에 따른 SDL-PCR 방법은 연결 반응이 되지 않은 미반응 탐침 또는 genomic DNA를 태그를 이용하여 제거함으로써, 비특이적 증폭 반응을 최소화할 수 있을 뿐만 아니라 exonuclease를 이용하는 정제방법보다 빠른 시간 내에 정제가 가능하며 단일 튜브 내의 동일 용액에서 연결, 정제 및 중합효소연쇄반응이 가능하여 정확하고 신속하게 복수의 유전자를 동시에 증폭시킬 수 있다.