본 발명은 크기 조절이 가능한 자성 나노입자 클러스터(NPCs)의 제작방법에 관한 것으로, 더욱 자세하게는 (a) 제1 결합물질이 수식되어 있는 징크핑거 단백질에 상기 징크핑거 단백질에 특이적으로 결합하는 서열을 포함하는 DNA 주형을 결합시켜 징크핑거-DNA 복합체를 형성시키는 단계; 및 (b) 상기 징크핑거-DNA 복합체와 제2 결합물질로 수식된 나노입자를 결합시켜 나노입자에 징크핑거-복합체가 결합되어 있는 나노입자 클러스터를 형성시키는 단계를 포함하는 나노입자에 징크핑거-복합체가 결합되어 있는 나노입자 클러스터의 제작방법 및 상기 방법으로 제작된 나노입자 클러스터에 관한 것이다. 본 발명에 의하면 나노입자 클러스터의 제작에 화학적 방법 대신 징크핑거 단백질을 이용하여 DNA 주형의 길이에 따라 크기를 조절할 수 있으므로, 다양한 나노입자에 적용 가능하고 질병·진단 치료와 이미징을 비롯한 다양한 분야에 응용할 수 있다.