본 발명은 세포 내 목적 단백질의 유도 진화가 가능한 방법에 관한 것으로, 구체적으로 파지 복제기점 및 목적 단백질을 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 운반체 플라스미드 및 상기 목적 단백질에 의해 작동이 조절되는 프로모터 및 리포터 유전자를 포함하는 선택 플라스미드가 도입된 대장균에 돌연변이 유발물질을 처리하여 목적 단백질의 유전자 서열에 돌연변이를 유도한 후, 하이브리드 헬퍼 파지를 감염시켜 돌연변이 운반체 파지를 수득하고 이를 선택 플라스미드로 형질전환된 대장균에 다시 형질 전환시킨 후 유도 진화된 목적 단백질을 생산하는 형질전환체를 선별하고, 다시 돌연변이 유발물질 처리 후, 배양 및 선별 과정을 반복하는 것을 특징으로 하는 재조합 대장균 세포 내 목적 단백질의 유도 진화 시스템에 관한 것이다. 본 발명의 시스템은 상기 형질전환된 대장균에 반복적으로 돌연변이 유발물질 처리, 배양 및 선별에 의해 신속하고 간단하게 목적 단백질의 유도 진화를 수행할 수 있다.