본 발명은 등자기영동 기술을 이용하여 미세입자의 자기 자화율을 측정하여 미세입자를 분리하는 방법에 관한 것이다. 본 발명의 등자기영동기술을 이용한 미세입자 분리 장치는 서로 다른 자기 자화율을 갖는 유체와 측정 대상인 미세입자를 미세유체 채널에 주입하여 유체의 자화율 구배를 형성시키고, 채널에 강한 자기장을 인가하여 주입된 미세입자의 거동을 제어함으로써 각 미세입자들이 자기와 같은 자화율을 갖는 유체가 있는 위치로 이동시킨다. 본 발명에 의할 때에 근소한 자화율 차이를 갖는 미세입자의 자화율을 측정하여 분리할 수 있다.