본 발명은 유전자 판별장치 및 이의 작동방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 정확하고 신속하게 유전자를 판별하기 위한 유전자 판별장치 및 이의 작동방법에 관한 것이다. 본 발명의 구성은 유전자 판별칩이 장착되는 하부모듈; 상기 하부모듈의 상부를 덮도록 개폐되도록 이루어지는 상부모듈; 상기 하부모듈 및 상기 상부모듈이 설치되는 본체모듈; 및 상기 본체모듈에 마련되는 제어모듈을 포함하며, 상기 유전자 판별칩에 시료와 신호물질이 주입되고, 상기 시료와 상기 신호물질이 혼합된 혼합물질의 전류량을 측정하여 유전자를 판별하는 것을 특징으로 하는 유전자 판별장치를 제공한다.